Um dos principais problemas das simulações de controles programáveis é a falta de consistência e sincronia das entradas envolvidas quando não originadas no mundo físico, mas inseridas na simulação de forma manual pelo usuário. Pode ocorrer, assim, que se acione manualmente, por exemplo, a entrada que receberia a indicação da bóia alta de um tanque esquecendo-se de acionar antes a referente à bóia baixa, ou acioná-las na ordem correta, mas em um intervalo de apenas alguns segundos, o que implicaria uma vazão irreal de enchimento deste tanque.
Em controles mais complexos, como, p. ex., os de elevadores, seria até mesmo virtualmente impossível fornecer manualmente os sinais de entrada em ordem e sincronia corretas.
Uma das formas de se minorar estes problemas é simular, além do CLP, também a própria planta a ser controlada e a interconexão entre os seus sensores e atuadores simulados e o CLP virtual, embora tal simulação seja, em geral, mais difícil de projetar e implementar que a do próprio equipamento controlador.
É a proposta das plantas virtuais, que se começou a implementar na versão 3 do SimuPLC, com os tanques de líquidos, e depois o elevador, a dupla de robôs cooperativos e a mini-esteira com motor de passos simulados.